1958年8月，经云南省林业厅批准建立文山县老君山和西畴县坪寨两个国营林场;
1980年6月5日，文山州革命委员会批准合并建立州级保护区;
1986年3月，批建小桥沟省级保护区;
1997年，批建老君山省级保护区;
2000年7月，扩建合并为"云南文山自然保护区";
2003年6月，将原西畴县小桥沟保护区和文山老君山保护区合并，经国务院批准晋升为国家级自然保护区。行政区隶属于西畴县和文山县。
地理环境位置
文山国家级自然保护区，位于滇东南文山壮族苗族自治州的文山县和西畴县境内，处于北回归线附近。 地理坐标:为东经103°53′~104°10′、104°41′~104°52′，北纬23°16′~23°25′、23°21′~23°24′。
土壤
保护区内主要为黄壤、黄棕壤分布，PH值6-6.5，厚度60至120厘米，坡向3/4的为北向(阴坡)，坡度15-25度之间。
地形
文山县老君山片区在六诏山西南面，属中山山原地貌，在古生代是一个活动地槽，经过三迭纪前后的往复海侵、陷落、升降，再经过诺利克期和拉丁尼克期的造山运动，隆起形成现今的陆地。从宏观态势看，老君山片区呈现山体大，地势高，切割深，从西北向东南倾斜的特征。保护区最高峰即滇东南最高峰簿竹山，海拔2991.2m，最低点为腰店的那么果河，海拔1500m，相对高差约1500m。
西畴县小桥沟片区地势沿山脊起伏变化不大，最高点为水晶石梁子，海拔1883m，最低点为陈家寨，海拔1200m，相对高差683m。从法斗后山的水晶石梁子到小桥沟的大尖山一带，相对高差250-300m，山脊稍为平缓，呈波浪状起伏。又从西部的小桥沟经法斗，到东部的南昌，以山脊线为界，地质构造分异十分明显:北面为岩溶地貌，溶洞、漏斗、石芽、岩峰随处可见;南面则属山原地貌，大小山脊线明显，全部为土山。
地貌
保护区地貌类型主要有中山山地、溶蚀丘陵地貌、断陷溶蚀盆地、喀斯特各类微地貌侵蚀和溶蚀河谷。其中大部分地区为中山山地，溶蚀丘陵分布在保护区的东、南部及小桥沟等地，峡谷地貌主要分布在薄竹山花岗岩山体的四周，溶蚀宽谷主要分布在东部一带，小桥沟附近也有分布。
气候特征
地处云南省东南部低纬度高原，东南近北部湾，西南离孟加拉湾不远，属南亚热带季风气候，随海拔高低，兼有中亚热带、北亚热带、南亚热带和温带气候。
老君山片区地处北回归线南侧，属亚热带季风气候区，因受地理位置、地形、海拔等影响，具有明显的立体气候特征。年平均气温14.5℃。山体下部与上部气温差异大，降雨量也有差别，老君山片年平均降水约1022.2mm，山下部年降雨量1000~1400mm，山上部年降雨量则大于1400mm。由于山上部雨水较多，雾重，湿度大，所以森林茂密，林木躯干及枝条密被苔藓。
小桥沟片区属南亚热带季风气候类型，常年受太平洋东南季风控制，以暖湿气流为主，年均降雨量1200mm，降雨80%集中在5~10月，3~5月为干季。全年霜期不长。12月至翌年2月，降雨量不多，但常有迷漫的大雾，数日不散，能见度仅5~10m，致使相对湿度保持在80%以上，为常绿阔叶林生长发育提供了良好的生境。
面积范围云南文山国家级自然保护区位于滇东南文山壮族苗族自治州的文山县和西畴县境内，地理坐标为东经103°53′~104°10′、104°41′~104°52′，北纬23°16′~23°25′、23°21′~23°24′，保护区总面积344406hm²，核心区总面积为10304.62hm²，缓冲区面积7 793.48hm²，实验区面积8 768.90hm²。