清初沿用明代之制，设御马监，后又改称为阿敦衙门，康熙十六年(公元1677年)改称上驷院。设监管事务大臣，无定员;卿二人，正三品，其一由侍卫补授，其一由内务府司员补授(内务府设七司)，每司均有郎中、员外郎、主事等官。
凡皇帝、后妃、皇子等出入，上驷院都供备马匹。选供皇帝乘骑的叫"虞马"，供"御马"之选的叫"内马"。紫禁城内外及南苑共有马厩十七个。饲养各种马匹七百多匹。此外在口外及盛京等处设牧场四个，饲养马驼。各处牧场分设官员分任牧马事务。并设防御、骁骑等官司缉捕盗匪以保护牧场安全。
发展历程上驷院的设置及其内部机构职官的职掌:
清代上驷院渊源于明代二十四衙门中的御马监。清定都北京后，其中枢机构仍未改崇德年间建立起的旧制，一些具体的办事机构，则以明朝旧设相延。这时管理宫廷事务的机构是内务府，这是在满洲旧有的包衣制度基础上所建立的。清初的内务府虽包揽了宜廷中的一切事务，但组织机构仍不完备，宫廷中的许多事务，仍需要借助中央国家机构来处理。例如御马的使用，则"俱由兵部领用"。
顺治十年六月，清世祖以内务府事务繁多、须分设机构办理为由，下令创立十三衙门。这十三个衙门，即是从明代二十四衙门演化而来的。十三衙门中的御马监，便是上驷院的前身。
顺治十八年正月，福临崩逝，以遗诏自罪，倡立十三衙门列为罪己之一。故康熙继位后，遂下令撤十三衙门，恢复内务府。十三衙门的名义虽撤.但顺治皇帝对管理宫廷事务机构改革，却做出了努力，十三衙门各组织，仍以不同名义继续存在着。这时，原御马监，改为阿敦衙门。
康熙十六年，又将阿敦衙门改名为上驷院，隶内务府。初，衙署设在东华门内三座门之西，后改建在左翼门外，成为内务府内部"七司三院"中的重要机构之一。
宣统三年，辛亥革命爆发，清帝逊位，根据《优待皇室条件》，内务府仍继续保留，一直延续到民国十三年(1924)直奉战争期间，清逊帝溥仪被驱逐出宜，为宫廷服务的内务府及其下属机构上驷院，随之结束了它的历史使命。
机构职官上驷院由皇帝特派兼管大臣管理，无定员。另设上驷院卿二人(正三品)，由内侍卫及内务府司官兼任。其内部机构，设上驷院堂及左司、右司。院堂设郎中、员外郎各一人，主事二人，委署主事一人，笔帖式八人。院堂郎中、员外郎负责拣选、补放官员，挑选随侍御马，稽察京城内外马驼牧养情况及院堂官员所用钱粮、笔墨纸张，议奏赏罚事宜。主事、委署主事及笔帖式，负责文移档案及挑选牧场马厩等处员役等事宜。左、右司各设员外郎二人，主事一人，委署主事一人，笔帖式七人。左司负责察核京城内外马厩、牧场的马驼牧养繁殖及倒毙情况，并议定赏罚。右司负责稽察马驼草料及马厩妆场官员的俸饷。上驷院堂及左右二司官员之缺，俱由内务府拣选。其中笔帖式是经考试取中后掣签补用。
此外，上驷院另设阿敦侍卫二十一人，负责随侍皇帝、骑试御马等事。又设司鞍长、司鞍、司辔、蒙古医生等职，负责马具的管理及治病等事宜。
上驷院属有京城十八马厩，其中紫禁城内三厩，东安门五厩(内一厩为驾车骡马)，西安门三厩(内有驼厩一，驾车骡马厩一)，南苑六厩，饔山一厩。十八厩分别设厩长、厩副、厩丁、管领下披甲人、草夫等员役。各厩所养马匹中有御马、走马、小马、内养马等名目，并除紫禁城御马、走马二厩无定额外，其余各厩均有额定。喂养马匹所需豆米，由内务府会计司咨行户部拨给。
此外，属上驷院管辖的还有盛京大凌河牧场、察哈尔达里岗崖牧场及商都达布逊诺尔牧场。初，大凌河等牧群处不设职官，每年由上驷院派侍卫及司员到该处值班临时管理。自康熙三十七年奏准，在大凌河等处设管理马群事务掌关防总管、副总管等官，并归上驷院管理。至乾隆十九年，额设大凌河牧场总管一人，由锦州副都统兼管，(后由盛京将军兼任)下设翼长、牧长、牧丁等职。养马约一万四千匹。
达里岗崖及商都达布逊诺尔牧场总管由察哈尔都统兼管。达里岗崖牧场牧养骒马三万余匹;商都达布逊诺尔牧场牧养骒马八万匹。各设牧长、牧丁管理。
上驷院为了加强对各牧场、马厩的有效管理，实行"均查制度"。按规定，京城各马厩每二年、大凌河等处马群每三年分别进行马匹的均查，并以均查后马匹倒毙、孳生的多寡，定议官员的赏罚。