保护区有独特的生态系统由高山寒漠生态系统、高山草甸草原生态系统、温带－暖温带荒漠生态系统和湿地生态系统组成。保保护园护区共有野生高等植物41科150属271种，其中：苔藓植物6科7属8种；蕨类植物1科1属1种；裸子植物1科1属3种；被子植物33科141属259种。其中裸果木为国家一级保护植物。有国家重点保护野生动
盐池湾国家级自然保护区(5张)
物一级10种、二级25种；列入濒危野生动植物国际贸易公约、中日候鸟保护协定、国家保护有益的或者有重要经济、科学研究价值的野生动物达上百种。还有保护区是众多边缘种群的分布区，是藏原羚、白唇鹿、野牦牛、马麝、藏野驴、雪豹分布的北部边缘，黑颈鹤、西藏雪鸡、西藏毛腿沙鸡等分布的东部边缘。[1]
管理现状管理机构
盐池湾国家级自然保护区根据甘肃省机构编制委员会办公室甘机编办通字[2007]65号文件精神，同意成立甘肃盐池湾国家级自然保护区管理局，事业性质，县级建制，隶属省林业厅管理。
内设机构：设一室三科，均为正科级建制。
1、办公室：负责拟定全局工作计划；组织执行各项工作制度；负责文秘、机要、档案、信访、信息、接待、后勤保障、基本建设、计划生育、车辆调配、保密、外事等工作；贯彻落实党和国家有关组织、人事、劳动、统战、侨务、老干部、纪检等方面的法规和方针、政策；负责干部和人才队伍管理；负责机构、人员编制、调配、职称评聘、干部和技术工人的培训考核；负责劳动工资、福利、津贴、社会统筹保险等工作；负责纪检监察、内部审计、党风廉政建设工作；协调工、青、妇工作。设主任、副主任各一名
2、计划财务科：负责全局经费预（决）算、资金筹措、使用和管理工作；负责年度计划的制定并组织实施；负责国有资产管理、统计财务及专控商品购置申报等工作；负责项目的筛选、论证、申报、储备等工作。设科长（项目管理办公室主任）、副科长（项目管理办公室副主任）各一名。
3、保护监测科：负责执行国家有关自然保护区的法律、法规和政策；负责保护区内各种资源调查及资源动态监测；负责研究制定并组织实施保护和恢复自然环境项目的规矩；负责贯彻执行森林病虫害防治的政策、法规；负责森林病虫害防治项目的筛选、论证、申报等工作；负责林政稽查、珍惜动植物的抢救；负责护林防火。设科长、副科长各1名。
4、科研管理科：负责制定科研规划；负责科研课题的研究、论证、申报和新技术推广；组织进行科研考察活动；负责保护区的科普宣传工作和科技档案管理工作。设科长、副科长各1名。
5、森林公安分局：维持保护区内治安秩序，依法查处破坏自然保护区的案件，负责保护区防火工作。
周边旅游景区敦煌寿昌城
敦煌寿昌城敦煌南湖东面，有一座被滚滚黄沙掩盖的废墟城，这就是寿昌城遣址。当年的通衢立脚道、繁华闹市已无影无踪，只有几段残垣断壁在沙丘中顽强地挣扎着任凭风剥雨蚀，傲然耸立了千余年。
西汉时，此城是敦煌郡所领六县之一龙勒县治所。北魏改立为寿昌郡，瓜州辖龙勒、东乡两县，北周并入敦煌县。唐武德年间又置寿昌县，属沙州郡。
现古城遗址内皆是沙丘，东、西、北三面仅存断续城垣，南面只存墙基。城墙全为红胶土版筑，夯土中夹有灰、红陶片及汉代遗物。残墙有高有低，最高为4米。城外东南70米处有窑址一处。北面和东面有大片村舍及农田痕迹，均被沙丘掩盖。风吹沙动，沙丘间便有古砖、陶片、钱币和箭镞等暴露，均为汉代、宋代的遗物。
寿昌城内处常可见到黑白两色的圆形小石子，有光滑细腻的成品，也有半成品，还有未经加工的黑色和白色的碎石堆。经考证，这就是古代围棋子。据敦煌遗书《地志》记载：唐代，沙州每年要向朝廷进贡20具围棋子，寿昌县便是加工围棋子的产地。