1983年，甘肃省人民政府批准成立了甘肃省莲花山自然保护区。
2003年6月经国办发[2003]54号文批准晋升为甘肃莲花山国家级自然保护区。
地理环境地质
甘肃莲花山国家级自然保护区属秦岭东西复杂构造带，由于洽置两个构造体系相毗邻地段，不同构造体系间的干扰，反映在构造形迹上也较为复杂，同时在巨型构造体系的基础上，局部发育着次级或更次一级的构造。
(1)秦岭东西复杂构造带
该构造带由新堡-力士山为复背斜轴的复式背斜所组成，轴部为下石炭统砂岩，粉砂岩、页岩等，向两翼渐新由中、上石炭统、二叠系，中、下三叠统灰岩、砂岩、页岩，板岩、砾岩等组成。复背斜轴在红崖鲁-尖山一带基本上呈东西向展布，仅局部偏转呈孤形，由尖山往西则呈北西向展布，总体方向为315°。展布方向的改变系由于秦岭带经历了长期的、复杂的历史演变，多次的运动和康藏体系，祁吕弧形挤压带多字形体系相毗邻而产生的严重干扰所致，但从山脉的走向，岩层的产状，地层的分布，次级褶皱的轴向，压性断裂等大部分都近于东西，足以反映秦岭构造带的面貌，从较大的区域来看则是清楚的，莲花山自然保护区属于新堡地区。
褶皱:在新堡地区的褶皱有8条，其中与莲花山自然保护区有影响的为母太子山-扎那山复向斜，由二叠系地层所组成，长67km，两翼倾角45°~50°。两段次级褶皱发育，受平山岩体破坏，由平山岩体向西，轴向近东西向展布后，受母太子山横断层破坏向北挪动，在横断层以西轴向又呈近东西向。
断层:太子山-前东湾冲断层，展布到莲花山保护区，断层南倾，为中三叠统砂岩，灰岩、页岩逆覆于上新统砖红色砂岩，砾岩之上。长达64km，倾角40°，其展布方向由290°~270°结构面本身呈弯曲的不规则波状。
(2)河西构造体系
这一构造体系仅发现了沿洮河的横断层，其总体方向330°。如峡城横断层展布方向为330°，倾角80°，在宗石至九甸峡一带可见被压碎岩石所构成的破碎带及陡立的磨光面和近水平的擦痕，这些表明其属于压扭性质。该横断层造成东盘向南推移，断距达2km，沿洮河往南由于断距变小而反映的不十分清楚，但拖拉褶皱说明了该断裂的存在，这在娃儿沟南一带反映尤为明显。就洮河在区范围内来说它是受北西向横断裂和派生的北东向横断裂控制，仅局部地段沿袭了东西向构造的结构面从而构成了河道弯曲。
区域范围甘肃莲花山国家级自然保护区位于临夏、甘南、定西三州市的康乐、临潭、卓尼、渭源、临洮五县交界处，地理位置在东经103°39′59″~103°50′26″，北纬34°54′17″~35°01′43″，总面积11691公顷。保护区东至洮河，西临洮河林业局的冶力关林场，南靠洮河林业局的羊沙林场，北沿冶木河为界，为洮河林区的东北边缘。 保护区内涉及莲芦、冶力关、八角、藏巴哇4个乡的莲花山、足古川、地寺坪、寺址、蛇路、八度、牙布山、上东山、柳林9个行政村。保护区的核心区、缓冲区、实验区，由保护区管理机构设置界标，予以公告。